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Idéalement située dans un golfe protégé, entouré de montagnes, Zakros (ou Kato Zakros) dans le sud-est de la Crète, était la quatrième plus grande colonie minoenne après Knossos, Phaistos et Malia. L'ancien nom a été perdu, oublié, et le présent dérive de la ville la plus proche. Habitée depuis le Néolithique, la colonie atteignit sa plus grande influence dans la période palatiale c. 2000 AEC - 1450 AEC. Le palais fut détruit (peut-être par l'éruption du volcan Théra, bien que la date de celle-ci soit largement contestée) et abandonné c. 1450 AEC en même temps que le village proche également abandonné c. 1330 AEC.
Les fouilles sur le site commencèrent en 1901 EC dirigées par D. Hogarth de l'école britannique d'Athènes et à nouveau à partir de 1961 EC sous la supervision de N. Platon, éphore des antiquités crétoises. Les fouilles ont permis de découvrir un grand complexe de palais et un village environnant présentant de nombreuses caractéristiques architecturales typiques des minoens. Il s'agit notamment d'une grande cour centrale (30x12m), de cours secondaires, de colonnades, de puits de lumière, d'une entrée monumentale en escalier, de bassins lustraux (salles en contrebas), de pièces de stockage, de salles d'archives, d'escaliers menant à un deuxième étage, et de pavages avec de grandes dalles et des interstices en plâtre rouge. Certaines pièces étaient également couvertes de fresques semblables (mais moins nombreuses) à celles de Knossos, représentant des spirales, des haches doubles et des cornes de taureau de consécration. Unique au site de Zakros, une grande citerne circulaire (5m de diamètre) avec sept marches pour accéder au fond et à l'origine entourée de colonnes. Une découverte intéressante et unique dans la vaste colonie autour du complexe du palais fut un grand four avec quatre conduits d'échappement, peut-être utilisé pour la métallurgie.
La présence de plus de 500 grandes jarres de stockage (pithoi), plus de 50 vases en pierres fines, de sceaux et de tablettes linéaires A, de quantités de lingots d'ivoire et de bronze, de fins vases de libation et de rhytons suggèrent que tout le palais, comme dans les autres villes minoennes, était un centre administratif et commercial prospère, non seulement localement mais avec des liens commerciaux avec les îles des Cyclades, l'Égypte et le Péloponnèse en Grèce continentale. D'autres découvertes archéologiques importantes furent des bijoux en or fin, de la poterie de style marin et des objets en or tels qu'une tête de taureau et un bol gravé.
